1.原料藥材的種植
傳統種植模式是我國中藥材種植的主要方式，在栽培過程中藥材往往遭受到多種病蟲的危害，直接影響中藥材的產量和質量。由于藥農對農藥缺乏有關常識，濫用、誤用農藥問題突出，中藥材中的農藥殘留問題和重金屬含量超標，使藥材質量下降，進而直接影響人體健康，阻礙中藥走向國際市場。
2.藥材的采收原則
中藥材的采收季節、時間、方法等與藥材有效成分含量有著密切的關系。中藥材在不同的生長發育階段，其有效成分的含量各不相同，若不適時適當采集加工，必然會影響原料藥材質量，從而影響飲片質量。歷代中醫藥學家在生產實踐中總結出一系列合理采收原則：根及根莖類一般在秋、冬至春初采收，莖木類一般在秋、冬兩季采收，皮類一般在春末夏初采收，葉類宜在生長繁盛期采收，花蕾含苞待放或者花初開時采收，果實一般在成熟或近成熟時采收，全草一般在莖葉茂盛時采收等。然而實際藥材的采收時間在很大程度上卻受到市場行情的操縱，價格高的藥材未到采收期就被采摘上市，價格低的藥材則被推遲采收，這種做法使藥材成分被破壞，甚至不含有效成分，也在一定程度上損害了原料藥材的品質。
3.炮制過程
《藥品管理法》規定：中藥飲片的炮制，必須按照國家藥品標準炮制，國家藥品標準沒有規定的，必須按照省、自治區、直轄市藥品監督管理部門制定的炮制規范炮制。炮制方法基本上是以傳統的經驗鑒別為主，靠眼看、鼻聞和口嘗為主，炮制結果沒有定性定量的測定方法，加之各省市地區對同種藥材的炮制方法和判斷標準不一，很難實現飲片質量的統一化，這是飲片質量控制的局限性。加工炮制過程不規范，以及生產設備的簡陋，粗制濫造，造成藥材含量低，有效成分被破壞，有的需除去毒性的藥材毒性未除去或者增強，如蒼耳子的刺含有小毒，須撞去刺才能人藥，否則引起人體不良反應，但是，有些中藥飲片的生產商，在炮制過程中，為了降低成本，省去了這些工序，將藥材的非藥用部分混在一起，進一步影響了中藥飲片的用藥安全性。
4.儲存條件
庫房的選擇須結合飲片的品種、性質、數量等因素，并配備相應的保管養護設施，使用的包裝材料不得污染飲片。但是藥品儲存不規范的現象普遍存在，許多企業藥房的庫房不符合標準，儲存設施不完善，飲片存放混亂，養護和質量檢查不到位，飲片出現交叉污染、生蟲、霉變、受潮、走油、結串等問題。
5.假藥、劣藥盛行
中藥飲片經營市場秩序混亂，以偽充真，以次充好的問題比較突出。
